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工业发酵一般为纯种培养，即仅允许生产菌的存在、生长和繁殖。但是由于多种原因，致使杂菌侵入，导致发酵异常，最终造成企业重大损失，所以截至目前，污染控制依旧是本领域重大任务。空气过滤器厂家获得无菌空气是需氧发酵及细胞培养过程中关键环节，菌种的培养、生长以及发酵液的搅拌等都涉及到无菌空气。
统计表明空气是发酵过程中染菌的一污染源。使用过热蒸汽对过滤器进行消毒时，务必要对过热蒸汽进行减压、降温处理，在达到发酵行业对蒸汽的压力、温度要求后使用。建议蒸汽控制在200~300kPa。灭菌时使用的饱和蒸汽一定要过滤。蒸汽进入过滤器之前先排掉蒸汽中的杂质和冷凝水，当排出的蒸汽呈雾状时，才打开进入蒸汽过滤器的阀门，以防蒸汽滤芯过早损坏。
用蒸汽对过滤器灭菌时，各个阀门要全部打开，不留死角。灭菌结束后，一定要缓慢通入压缩空气，通气速度不能太快，防止通过气流与过滤介质摩擦引发安全事故。灭菌结束，在将蒸汽转换成压缩空气时，要严格控制过滤器的压降，仔细观察过滤器管道前、后压力表的变化，杜绝出现过滤器膜前压力低于膜后压力，这样极易导致滤芯受损。蒸汽消毒后，如果工艺允许，要全开过滤器的进口阀门，将过滤器吹30分钟后才投入运行。因为过滤器在潮湿状态投入运行，有可能造成发酵料液染菌。蒸汽过滤器在使用完毕后，要关闭其进出口截止阀门，一定要打开蒸汽过滤器底部的排污阀门，杜绝阀门泄漏，蒸汽冷凝水渗入发酵罐，造成不必要的损失。
在保证正常生产的前提下，要尽量减少对过滤器消毒的次数，延长滤芯的使用寿命。由于发酵企业生产的产品、工况等不同，提供过滤设备的单位一般不会提供消毒周期，企业应根据发酵料液的生长情况，摸索出切实可行的消毒周期，达到既降低生产成本，又保证安全生产的目的。
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